明朝滅亡と異民族の清朝の成立は、当時の儒学者たちに大きな衝撃を与えた。明の遺臣たちは明滅亡の原因を理論的な空談にはしった心学にあると考え、実用的な学問、経世致用の学を唱えた。その代表は黄宗羲や顧炎武、王夫之である。彼らはその拠り所を経書・史書に求め、六経への回帰を目指した。そのアプローチの方法は実事求是（客観的実証主義）であった。彼らの方法論がやがて実証的な古典学である考証学を生むことになった。
一方、顔元は朱子学・陽明学ともに批判し、聖人となる方法は読書でも静坐でもなく「習行」（繰り返しの実践）であるとする独自の学問を興した。「格物」の「格」についても「手格猛獣」（手もて猛獣を格（ただ）す）の「格」と解釈して自らの体で動くことを重視し、実践にもとづく後天的な人格陶冶を主張した。顔元の学は弟子の李塨によって喧伝され、顔李学派と呼ばれる。
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こういった清初の思想家たちは理気論上、一様に気一元論であり、朱子学や陽明学の先天的に存在するとした「理」を論理的な存在として斥け、現実世界を構成する「気」の優位を主張して人間の欲望をも肯定している。このように明代中期以後、気一元論の方向性で諸説紛々たる様相を見せている理気論はその後、戴震が「理」を「気」が動いた結果として現れる条理（分理）とし、気によって形成された人間の欲望を社会的に調停する「すじめ」と定義するにいたって一応の決着を見ることになる。
清の支配が安定してくると、実学よりも経書を始めとする古典を実証的に解明しようとする考証学が興るようになった。